Historia parafii W okresie przedwojennym budynek należał do kościoła ewangelickiego (luterańskiego), pierwszym pastorem był J. Ahnke.
W kwietniu 1945 pierwszy powojenny prezydent Szczecina – Piotr Zaremba wystąpił do abpa Walentego Dymka o zapewnienie obsługi duszpasterskiej coraz liczniej przybywającym do miasta osadnikom polskim. W odpowiedzi, już w czerwcu przybyli do miasta pierwsi jezuici (pierwszym był o. Sebastian Matczak). Po różnego rodzaju perturbacjach z władzami komunistycznymi, a także nieudanych zabiegach o pozyskanie kościoła św. Piotra i Pawła, uruchamiają kościół pod wezwaniem św. Andrzeja Boboli. Poświęcenie świątyni odbyło się 1 października 1945, a erygowanie parafii – 1 marca 1946. W ciągu tego roku odbyły się poważne prace związane z odbudową i naprawami budynku kościoła.
W 1952 nastąpiło poświęcenie kościoła dolnego – przeznaczonego głównie dla obsługi duszpasterskiej dzieci i młodzieży. W tym też roku przebywał w parafii kardynał Stefan Wyszyński. 31 stycznia 1955 jezuici zostali zmuszeni przez władze komunistyczne do opuszczenia Szczecina pod zarzutami złego oddziaływania na młodzież i inteligencję, co wywołało protest mieszkańców i petycję do władz.