Wygląd obecny Bazylika uzyskała W końcu XVII wieku, kiedy to pod kierownictwem Matthiasa Steinla dokonano przebudowy kościoła w stylu barokowym. Przebudowa ta gruntownie zmieniła charakter świątyni. Nawy boczne przykryto nowymi sklepieniami krzyżowymi bez żeber. Zniszczono gotycką fasadę zachodnią, budując na jej miejscu obecną bogatą fasadę z dwiema wieżami, kryjącą przedsionek. Wówczas całość została włączona do tak zwanego masywu zachodniego, w który skład wchodzą: fasada kościoła oraz elewacje klasztoru i pałacu opata. Przy północnym ramieniu transeptu około 1700 roku wzniesiono kaplice Loretańską, używaną jako zakrystia.
W okresie II wojny światowej kościół Najświętszej Marii Panny podobnie jak cały pocysterski kompleks został całkowicie ogołocony przez Niemców. Wyposażenie wraz z wspaniałymi stallami anielskimi Matthiasa Steinla pocięto na kawałki i wywieziono do Lubomierza oraz Krzeszowa, gdzie zostały ukryte, a skąd po wojnie powędrowały dalej do wielu miast w Polsce np. Stężycy oraz Siedlec. Dzieła zniszczenia ostatecznie dokonali Rosjanie, którzy splądrowali oraz rozgrabili znajdujące się pod kościołem krypty, w których do dziś dzień spoczywa 98 zmumifikowanych ciał książąt, opatów oraz zasłużonych zakonników cysterskich.