Konstrukcja Tu-98 był trzymiejscowym, wolnonośnym średniopłatem o konstrukcji całkowicie metalowej. Napęd stanowiły dwa silniki turboodrzutowe Ljulka AL-7F umieszczone w kadłubie. Wloty powietrza do silników znajdowały się po obu stronach kadłuba, nad oraz przed krawędzią natarcia skrzydła. Skośne skrzydło o obrysie dwutrapezowym, ujemnym wzniosem i cienkim profilem przeznaczonym do osiągania prędkości naddźwiękowych. Na obu płatach (ich wierzchniej części) zamontowano grzebienie aerodynamiczne wymuszające równoległy opływ powietrza względem powierzchni płata. Wiązało się to z faktem, iż w części przykadłubowej, skrzydła miały dużo większą szerokość niż na końcach. Takie ukształtowanie oraz fakt, że były to skrzydła o dużym skosie, powodowały odchylanie strug przepływającego nad płatem powietrza w kierunku jego końcówki, a w efekcie, zaburzenia równowagi podłużnej samolotu. Aby zapobiec temu niekorzystnemu zjawisku, w radzieckich konstrukcjach często stosowano grzebienie aerodynamiczne wymuszające prawidłowy, równoległy opływ.