W latach 1975–1990 kuratorium działało jako Kuratorium Oświaty i Wychowania w Krakowie, wchodzące w skład Urzędu Miasta Krakowa. Historia Kuratorium Oświaty w Krakowie.
W 1975 roku po reformie podziału administracyjnego Okręg Szkolny Krakowski został zlikwidowany, a na jego miejscu utworzono wojewódzkie Kuratoria Oświaty i Wychowania w Krakowie, Tarnowie i Nowym Sączu, które działały do 31 grudnia 1998 roku.
Kuratorium w III RP Od 26 maja 1990 roku na podstawie ustawy z dnia 17 maja 1990 r. o zmianie ustawy o rozwoju systemu oświaty i wychowania oraz ustawy - Karta Nauczyciela, Kuratorium Oświaty stało się terenowym organem rządowej administracji specjalnej do spraw oświaty, na terenie województwa krakowskiego i podlegało bezpośrednio MEN. Od 1 stycznia 1992 roku na podstawie ustawy z dnia 7 września 1991 r. o systemie oświaty urząd funkcjonuje jako Kuratorium Oświaty w Krakowie. W latach 1990–1998 Kuratorem Oświaty w Krakowie był dr Jerzy Lackowski.
Po kolejnej reformie podziału administracyjnego, gdy utworzono województwo małopolskie, od 1 stycznia 1999 roku zmieniono nazwę na Małopolskie Kuratorium Oświaty.