12 lutego 1946 został skierowany do dalszej służby w Wojskach Ochrony Pogranicza. Otrzymał przydział do 10 Oddziału Ochrony Pogranicza w Rybniku. Objął obowiązki kontrolera na przejściu granicznym w Pliszczu a następnie w latach 1947–1950 jako kontroler GPK w: Głuchołazach, Zebrzydowicach (od 9.01.1949) i Cieszynie (od 10.09.1949). 1 stycznia 1951 został dowódcą 205 strażnicy WOP w Cieszynie, a 15 lutego 1952 202 strażnicy WOP w Wiśle. W okresie 15 marca 1953–14 grudnia 1954 kpt. Paweł Grzybek wykonywał obowiązki na stanowisku pomocnika szefa sztabu ds. operacyjnych batalionu WOP w Ustroniu. W grudniu 1954 został skierowany na roczny kurs do Rembertowa, a po jego ukończeniu objął obowiązki komendanta Szkoły Podoficerskiej w przy sztabie 4 Brygady WOP w Gliwicach. Po rozformowaniu szkoły w 1967, objął obowiązki kierownika sekcji szkolenia, później zastępcy szefa wydziału operacyjno–szkoleniowego i ponownie, po reorganizacji, kierownika sekcji szkolenia, które wykonywał do czasu zwolnienia ze służby wojskowej 14 sierpnia 1986. W międzyczasie ukończył Wojskowy Kurs Doskonalenia Oficerów w Rembertowie.