Karierę piłkarską zakończył w 2015 w zespole Forrest Hill - Milford United.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 2001/02 Barnsley Championship 28 0 2002/03 League One 33 1 2003/04 4 0 2003/04 Doncaster Rovers League Two 14 1 2004/05 League One 31 1 2005/06 32 2 2006/07 Scunthorpe United 24 1 2007/08 Grimsby Town League Two 6 0 2007/08 Port Vale League One 9 0 2008/09 Wellington Phoenix A-League 3 0 2009/10 0 0 2010/11 Auckland City New Zealand Football Championship 9 5 2011/12 11 4 2012/13 Waitakere United 6 5 2013/14 Hawke’s Bay United 15 1 2014/15 Waitakere United 11 2
Kariera reprezentacyjna Mulligan występował w młodzieżowych reprezentacjach Nowej Zelandii do lat 17, 20 i 23.
Po raz pierwszy w kadrze All Whites zagrał 12 października 2002 w meczu przeciwko Estonii, przegranym 2:3.
W 2009 został powołany przez trenera Rickiego Herberta na Puchar Konfederacji 2009, gdzie reprezentacja Nowej Zelandii odpadła w fazie grupowej. Mulligan zagrał na turnieju w trzech spotkaniach z Południową Afryką, Hiszpanią i Irakiem.
10 maja 2010 został powołany przez trenera Rickiego Herberta na Mistrzostwa Świata. Podczas Mundialu pełnił rolę zawodnika rezerwowego.