Zwierzyńce, stadnina i sadzawki położone były nad wielkim, blisko stuhektarowym stawem, który był zasilany wodami rzeki Jaskry (dziś Jaskranka). Kompleks dworski umieszczono po przeciwnej stronie stawu niż obiekty hodowlano-myśliwskie. Obok zabudowań rezydencji mieścił się ogród ozdobny i sad.
Budową dworu kierował architekt królewski Hiob Bretfus, który w tym czasie prowadził również przebudowę pobliskiego zamku w Tykocinie (w 1571 roku Bretfus był także krótko starostą tykocińskim). Według innych ustaleń twórcą nowego założenia dworsko-ogrodowego i nadzorcą rozbudowy całego kompleksu dworskiego w Knyszynie był Piotr Chwalczewski. W literaturze naukowej podaje się, że dwór w Knyszynie był podporządkowany wymogom obronności, być może nawet otoczony wałami ziemnymiM. Paździor, "Dwór królewski Zygmunta Augusta w Knyszynie", [w:] Rocznik Białostocki, t. 8 (1967), Muzeum w Białymstoku, Białystok 1968, s. 360; z jednego z dokumentów źródłowych wynika, że w 1563 roku wysłano do Knyszyna „98 większych hakownic na miarę 6 dłoni Doppelhoken”M. Paździor, ibid., s. 381. Zgodnie z innymi ustaleniami dwór jednak nie miał żadnych elementów obronnych.