W wyniku wyborów z 1996 jego ugrupowanie znalazło się poza parlamentem.
W 2004 Wiosna Polityczna połączyła się ostatecznie z Nową Demokracją (ND), a Andonis Samaras w czasie wyborów europarlamentarnych w czerwcu 2004 dostał się do Parlamentu Europejskiego z ramienia ND. W PE wszedł w skład Komisji Budżetowej, Komisji ds. Gospodarczych i Monetarnych oraz Delegacji ds. stosunków UE-Rosja.
W wyniku wyborów parlamentarnych we wrześniu 2007 został ponownie członkiem greckiego parlamentu z ramienia ND. Zasiadł w nim w Komisji Spraw Europejskich oraz Komisji Spraw Gospodarczych. 8 stycznia 2009 został mianowany ministrem kultury w rządzie Kostasa Karamanlisa i zajmował ten urząd do 7 października 2009.
Działalność polityczna w latach 2009–2012 Po przegranej Nowej Demokracji w wyborach parlamentarnych w październiku 2009 i złożonej przez Kostasa Karamanlisa ze stanowiska przewodniczącego partii, Andonis Samaras postanowił ubiegać się o opróżniony urząd. Po raz pierwszy przewodniczący partii wybierany był przez wszystkich członków Nowej Demokracji w ogólnogreckich wyborach, a nie jak dotąd w czasie kongresu partii. 29 listopada 2009 prawie 550 tys. obywateli w ponad tysiącu punktach w całej Grecji wzięło udział w wyborze lidera ND.