W razie jego utraty można użyć narzędzia do naprawy pliku boot.ini z konsoli odzyskiwania: .
W systemie Windows Vista Boot.ini został zastąpiony przez Boot Configuration Data (BCD).
Za jego pomocą można załadować dowolny system z rodziny Windows, lub uruchomić inny program ładujący np. LILO, czy GRUB. Standardowo nie umożliwia rozruchu z innych źródeł, niż dyski twarde, jednak po dodaniu stosownego programu ładującego do listy jest to możliwe.
Zawartość Boot loader Zawiera opcje NTLDR, takie jak: timeout – czas wyświetlania menu wyboru systemu operacyjnego w sekundach, po którym zostanie wybrany system domyślny, default – ścieżka do domyślnego systemu operacyjnego.
Systemy operacyjne Zawiera listę systemów operacyjnych, razem z opcjami uruchamiania. Każdy wpis składa się z dwóch (w przypadku systemów spoza rodziny NT) lub trzech (dot. systemów z rodziny NT) elementów:
a) ścieżki ARC (Advanced RISC Computing) w przypadku systemów z rodziny NT, lub litery dysku w przypadku innych systemów Microsoftu, bądź litery dysku i ścieżki do pliku boot loadera w przypadku innych systemów operacyjnych.