Waży 13,7 kg. Planetary Fourier Spectrometer (PFS) – Włochy – Planetarny Spektrometr Fourierowski. Waży 30,8 kg. Analyzer of Space Plasmas and Energetic Atoms (ASPERA) – Szwecja – instrument badający górną atmosferę i wiatr słoneczny. Waży 7,9 kg. High Resolution Stereo Camera (HRSC) – Niemcy – Kamera Stereo Wysokiej Rozdzielczości. Waży 20,4 kg. Mars Radio Science Experiment (MaRS) – Niemcy – Marsjański Radiowy Eksperyment Naukowy, służy do badania jonosfery, atmosfery oraz wnętrza Marsa za pomocą fal radiowych.
Przebieg misji i odkrycia 2004 23 stycznia Europejska Agencja Kosmiczna ogłosiła odkrycie lodu wodnego w czapie lodowej na biegunie południowym planety. Informacja została poparta danymi zebranymi przez pokładowy instrument OMEGA w dniu 18 stycznia. 28 stycznia Osiągnięcie docelowej orbity przez sondę Mars Express Orbiter. 30 marca Podano informacje o odkryciu przez sondę metanu w atmosferze Marsa. Jakkolwiek są to śladowe ilości (około 0,01 ppm), naukowców zainteresował sam fakt istnienia gazu, którego pochodzenia nie są w stanie jednoznacznie wytłumaczyć. Ze względu na szybki rozpad metanu w atmosferze planety, stwierdzenie przez sondę stałego jego poziomu, zmusza wszystkich do szukania źródła uzupełniającego jego zasoby.