Patriarcha Szenuda III był zwolennikiem ruchu ekumenicznego. Niejednokrotnie deklarował swoje poparcie dla jedności Kościoła Powszechnego. Składał wiele wizyt pozostałym patriarchom, między innymi konstantynopolitańskiemu, moskiewskiemu, rumuńskiemu i antiocheńskiemu. W maju 1973 złożył wizytę w Watykanie jako pierwszy patriarcha aleksandryjski Koptyjskiego Kościoła Ortodoksyjnego. Podczas tej wizyty patriarcha i papież Paweł VI podpisali wspólną deklarację chrystologiczną, kładącą nacisk na wspólne dziedzictwo wiary obu podzielonych kościołów. W 1989 patriarcha otworzył spotkanie Międzynarodowej Komisji Wewnątrz-Ortodoksyjnego Dialogu Ekumenicznego, której końcowe oświadczenie również podkreślało wspólnotę wiary Koptów i prawosławia. Patriarcha podtrzymywał również kontakty z kościołami protestanckimi.
W dniach 24–26 lutego 2000 r. spotkał się parokrotnie z pielgrzymującym do Egiptu z okazji Wielkiego Jubileuszu Roku 2000 zwierzchnikiem Kościoła rzymskokatolickiego oraz katolickich Kościołów wschodnich – papieżem Janem Pawłem II.