Po ustąpieniu prezydenta Feng Guozhanga, Duan doprowadził do wyboru związanego z kliką Anfu Xu Shichanga. Sam Duan ustąpił ze stanowiska 10 października 1918 roku pod presją protestów przeciwko projapońskiej polityce jego rządu. Pomimo to zachował faktyczny wpływ na rządy.
Wkrótce opór przeciwko rządom kliki Anfu i zawartemu w traktacie wersalskim zapisowi przyznającemu półwysep Szantung Japonii wzrósł na skalę masową na skutek działalności Ruchu 4 Maja. Ostatecznie generał Wu Peifu nawiązał porozumienie z rządzącym w Mandżurii Zhang Zuolinem i wspólnie wystąpili przeciwko rządowi pekińskiemu. W wyniku trwającej od 14 do 18 lipca 1920 wojny Anfu-Zhili armia rządu pekińskiego została rozbita. Duan Qirui zbiegł do koncesji japońskiej w Tianjinie, a prezydent Xu Shichang został zmuszony do rozwiązania kliki Anfu.
Niespodziewany powrót Duana do władzy nastąpił na skutek rozłamu między Wu Peifu i Zhang Zuolinem. Pod koniec października walczący wcześniej po stronie Wu Peifu Feng Yuxiang przeszedł na stronę Zhanga, rozbił oddziały swego dawnego sojusznika i zajął Pekin. 24 listopada 1924 roku Duan został sprowadzony przez Fenga z Tianjinu i osadzony na stanowisku głowy państwa.