Początki programu W sierpniu 1992 roku Robert Staehle, naukowiec z JPL zadzwonił do odkrywcy Plutona Clyde'a Tombaugha z prośbą o pozwolenie na "odwiedzenie" jego planety. „Powiedziałem mu, że będzie tam mile widziany” – wspominał później Tombaugh – „chociaż musi wybrać się w długą, zimną podróż”. Po tej rozmowie powstało kilka propozycji dla nazwy nowej misji, spośród których ostatecznie wybrano New Horizons.

Stamatios „Tom” Krimigis, kierownik działu badań kosmosu na wydziale Fizyki Stosowanej na Uniwersytecie Johna Hopkinsa, jeden z wielu uczestników konkursu w ramach programu New Frontiers, utworzył w grudniu 2000 r. wraz z Alanem Sternem zespół New Horizons. Mianowany na głównodowodzącego projektu, Stern został opisany przez Krimigisa jako „personifikacja misji na Plutona”. Projekt New Horizons opierał się w dużej mierze na pracy Sterna od czasu programu Pluto 350 i była w niego zaangażowana większość zespołu pracującego nad programem Pluto Kuiper Express.