Franciszek Gągor został patronem Zespołu Szkół w Koniuszowej, gdzie znajduje się poświęcona mu Izba Pamięci oraz tablica pamiątkowa.
11 października 2011 na terenie Wojskowej Akademii Technicznej im. Jarosława Dąbrowskiego w Warszawie odsłonięto tablicę pamiątkową poświęconą pamięci gen. Franciszka Gągora, a 25 października 2011, z okazji 93. rocznicy odrodzenia Sztabu Generalnego WP, poświęconą mu tablicę pamiątkową odsłonięto w siedzibie Sztabu Generalnego WP.
27 kwietnia 2012 imię gen. Gągora otrzymała sala widowiskowo-konferencyjna w siedzibie AON.
7 września 2012 Związek Weteranów i Rezerwistów Wojska Polskiego przyjął imię Generała Franciszka Gągora.
8 września 2012 szlakowi turystycznemu Nowy Sącz – Ptaszkowa zostało nadane imię generała Franciszka Gągora. mały|popiersie gen. Gągora, Panteon Bohaterów Sanktuarium Narodowego (2020) 16 sierpnia 2013 odsłonięto jego pomnik-popiersie w Panteonie Bohaterów Sanktuarium Narodowego na Cmentarzu Poległych w Bitwie Warszawskiej w Ossowie.
8 września 2014 przy dworcu kolejowym w Nowym Sączu odsłonięto tablicę pamięci generała Gągora.