Ponieważ nowy silnik miał moc 1324 kW (1800 KM), czyli prawie dwukrotnie większą niż w B5N2, a także dużo większą masę, konieczne było wydłużenie kadłuba.

thumb|left Aby utrzymać się w gabarytach podnośników, konieczne było pochylenie do przodu usterzenia pionowego. Wiosną 1941 roku zakłady Nakajima ukończyły budowę dwóch prototypów napędzanych silnikami Nakajima NK7A Mamoru 11. Mimo że sugerowano zastosowanie lepszej jednostki napędowej Mitsubishi Kasei, firma wolała pozostać przy własnym produkcie. Ta decyzja spowodowała znaczne przedłużenie okresu prób, co automatycznie opóźniło rozpoczęcie produkcji. Pierwsze próby w locie, przeprowadzone jeszcze przed wybuchem wojny na Pacyfiku, wykazały złą stateczność podłużną i musiano wprowadzić skręcenie statecznika pionowego (o 10° w lewo). Próby na lotniskowcach „Ryuho” i „Zuikaku” ujawniły, że samolot może stacjonować tylko na dużych jednostkach, z powodu znacznej masy startowej nie jest w stanie operować z pokładów lekkich lotniskowców. Wzmocniono również hak do lądowania, którego niedostateczna sztywność groziła jego zerwaniem po kilku lądowaniach. Problemy z silnikiem sprawiły, że cykl prób zakończono dopiero pod koniec 1942 roku. Samolot produkowany był w trzech wariantach: Nakajima B6N1, B6N2, B6N2a, B6N3.