Na wybrzeżu utrzymują się stałe temperatury, praktycznie bez większych wahań, dochodzące do 26–29 °C. Dobowe amplitudy temperatur są niskie, przez całą dobę panuje także wysoka wilgotność powietrza. Amplitudy wzrastają wraz z oddaleniem od oceanu. Na północy kraju w porze suchej występują upały powyżej 30 °C, w czasie pory deszczowej temperatura obniża się o kilka stopni. Bezpośrednio po deszczach wynosi około 23–25 °C. Różnice między temperaturami dnia i nocy wynoszą 5-10 stopni.
Wody Rzeki płynące w Beninie należą do dorzecza Nigru i Wolty (zlewisko Oceanu Atlantyckiego). Ze względu na wysokie opady są one bardzo zasobne w wodę. Największą rzeką Beninu jest Ouémé z dopływami: Zou i Okpara. Ouémé oraz jej dopływ Couffo są żeglowana na długości 50 km, pozostałe rzeki na znacznie krótszych odcinkach. Żeglowność oznacza tu możliwość przepłynięcia dużego statku lub barki (do celów handlowych i przemysłowych), jednak miejscowa ludność używa także łódek i czółen, mogących pokonywać odcinki rzek niedostępne dla większych jednostek pływających. Stan wód w rzekach ulega wahaniom w zależności od opadów, także tych w sąsiednich państwach.