Atheneum Gedanense thumb|250px|Zabudowania dawnego zespołu klasztornego Braci Mniejszych w Gdańsku, na Starym Przedmieściu W związku z pojawieniem się w Gdańsku religii protestanckiej, która bardzo szybko stała się dominującym wyznaniem w mieście, w 1558 powstało Gdańskie Gimnazjum Akademickie (Atheneum Gedanense). Pierwotnym zadaniem postawionym przed Gimnazjum Akademickim było krzewienie reformacji. Jednym z jego inicjatorów był lekarz i aptekarz Johannes Brettschneider (Placotomus). Przybył on z Królewca, gdzie był pierwszym profesorem medycyny nowo utworzonego uniwersytetu. W Gdańsku objął funkcję fizyka miejskiego i choć nie został profesorem Gimnazjum, wpłynął na kształtowanie się tej uczelni, m.in. tworząc projekt późniejszego nauczania medycyny.
thumb|left|180px|Stara Apteka z XVII wieku na Głównym Mieście W roku 1568 stanowisko rektora Gimnazjum objął profesor Andrzej Frackenhaus, który rozpoczął wykłady z medycyny i anatomii. W czasie wojny Gdańska z królem Stefanem Batorym działalność Gimnazjum zawieszono, a profesor Frackenhaus opuścił miasto. Po zakończeniu walk w 1580 wznowiono zajęcia, a profesorem medycyny został Johann Mathesius z Joachimowa.