Autorzy ci nie wykluczają, że Darwinopterus i Wukongopterus są synonimami, a różnice pomiędzy nimi wynikają z odmiennych stanów zachowania skamieniałości.
Paleobiologia thumb|Rekonstrukcja Darwinopterus modularis Dokładne funkcjonalne i ekologiczne znaczenie wydłużenia czaszki, połączenia okna nosowego i przedoczodołowego, stosunkowe zwiększenie rozmiarów i objętości puszki mózgowej, uproszczenie uzębienia oraz zmiany w kształcie kręgów szyjnych i utraty żeber szyjnych nie jest znane. Lü i współpracownicy na podstawie cech zębów i szyi sugerują, że Darwinopterus modularis mógł być aktywnym drapieżnikiem, polującym w powietrzu na niewielkie kręgowce, takie jak współczesne mu pierzaste maniraptory (skansoriopteryks, epidendrozaur, Anchiornis), szybujące ssaki (Volaticotherium) oraz inne pterozaury, takie jak Changchengopterus. Darwinopterus robustodens osiągał mniejsze rozmiary, a jego krótkie i masywne zęby mogły być przystosowane do miażdżenia pancerzyków chrząszczy, zwłaszcza sprężykowatych i Lasiosynidae, które licznie zamieszkiwały te same tereny. Darwinopterus również padał jednak ofiarą agresji ze strony innych zwierząt – jeden z okazów odnaleziono w bezpośredniej bliskości jaja, co sugeruje, że należy on do dojrzałej płciowo samicy. Prawdopodobnie po złamaniu lewego skrzydła wpadła do wody i utonęła.