Klimat Burkina Faso leży w strefie klimatu podrównikowego suchego na północy i wilgotnego na południu. Klimat wilgotny na południu charakteryzuje się dużymi opadami deszczu do 1200 mm rocznie. Im dalej na północ, tym klimat jest suchszy – na północnych krańcach kraju opady wynoszą jedynie 500 mm. Środkowy pas kraju otrzymuje średnio 800 mm deszczu. Pora deszczowa na południu trwa pół roku od kwietnia do października. Na północy jest o połowę krótsza.
W Burkinie Faso występują wysokie temperatury powietrza. W porze suchej (koniec zimy) wynoszą od 30 do 35 °C, na południu jest o kilka stopni chłodniej. Najchłodniejszym miesiącem jest styczeń, najcieplejszym kwiecień (koniec pory suchej), kiedy to wieją pasaty. W południowej części kraju izotermy mają przebieg zbliżony do równikowego.
Wody Sieć rzeczna jest uboga z powodu okresowości rzek. Na północy kraju rzeki wysychają w czasie upałów w porze suchej. Sprawia to, że nawet największe z nich, takie jak Wolta Biała, są suche przez prawie pół roku. Sama sieć rzeczna jest gęsta, jednak wiele rzek jest krótkich i okresowych. Tylko dwie rzeki stałe – Wolta Czarna i Komoé – odgrywają dużą rolę w gospodarce państwa. Reszta rzek jest nieżeglowna przez pół roku lub wcale.