Po zakończeniu I wojny czeczeńskiej Giełajew unikał jednoznacznego poparcia którejkolwiek z walczących o władzę grup. Utrzymywał dobre stosunki zarówno z radykalnymi islamistami, jak i umiarkowanymi politykami, budując przy tym własne struktury polityczne w rodzinnym rejonie urus-martańskim. W kwietniu 1997 roku Maschadow mianował go premierem, a rok później, w wyniku rządowym przetasowań, ministrem obrony i dowódcą quasi-policyjnej formacji pod nazwą Straż Szariacka.
W tym czasie Giełajew, podobnie jak wielu innych dowódców czeczeńskich, coraz bardziej skłaniał się ku islamowi. W 1997 roku odbył pielgrzymkę do Mekki, po której przybrał imię Chamzat. Pozyskał sponsorów w krajach arabskich, co przyczyniło się do zwiększenia roli, jaką w politycznym i wojskowym życiu Czeczenii pełnili wahhabici. Sprawa czeczeńska zyskała sympatyków w krajach islamskich.
II wojna czeczeńska i walka partyzancka Na początku II wojny czeczeńskiej, dowodził liczącym 1500 bojowników oddziałem broniącym Groznego, wraz z którym wycofał się z miasta bez walki w styczniu 2000 roku. Za decyzję o porzuceniu Groznego, Prezydent Maschadow zdegradował go do stopnia szeregowca i pozbawił wszelkich odznaczeń.