Do szczególnego napięcia doszło na wiosnę 1999, gdy przy okazji zmian w składzie Rady Ministrów UW oskarżyła AWS o złamanie umowy koalicyjnej i próbę osłabienia pozycji UW. Powodem konfliktu było przede wszystkim zastąpienie Joanny Wnuk-Nazarowej z UW przez Andrzeja Zakrzewskiego (AWS). Ponadto przewodniczący klubu parlamentarnego UW zapowiedział, że jego ugrupowanie nie poprze kandydatury Mariana Krzaklewskiego w nadchodzących wyborach prezydenckich. Dodatkowo dochodziło do konfliktów między AWS i UW na szczeblu samorządowym, gdzie rozpadały się lokalne koalicje. Z kolei w październiku 1999 UW głosowała przeciwko ustawie dekomunizacyjnej forsowanej przez AWS.
Rozpad koalicji Kolejny kryzys w koalicji dał o sobie znać w 2000 roku, w związku z sytuacją w samorządzie warszawskim. Od marca 1999 prezydentem stolicy był wybrany głosami UW, AWS i SLD Paweł Piskorski. Próba jego reelekcji w lutym 2000 nie powiodła się, w związku z brakiem jednego głosu ze strony AWS. Następnie doszło do zawarcia porozumienia SLD-UW, które ponownie wybrało Piskorskiego, a także przegłosowało wybór nowego burmistrza gminy Warszawa-Centrum. Spotkało się to z reakcją wojewody mazowieckiego z AWS, który zaskarżył decyzję o wyborze burmistrza do NSA.