Oficyna i skrzydła boczne utworzyły wewnętrzny dziedziniec w kształcie prostokąta.
W 1635 ukazała się miedziorytowa panorama Gdańska Jakuba Hoffmanna dedykowana Adamowi Kazanowskiemu, w opisie której znajduje się następujące zdanie: kunsztowny zegar na wieży ratuszny Prawego Miasta jest, który na każdą godzinę w cymbały graje.
Panowanie pruskie i Wolne Miasto Gdańsk thumb|Ratusz Głównego Miasta w połowie XVIII wieku (rycina lustrzana) Zajęcie Gdańska przez Prusy w ramach II rozbioru Polski spowodowało zmiany w ustroju miasta. Znalazło to też odbicie w nowym układzie funkcjonalnym ratusza, między innymi w dawnej Sali Kasy Miejskiej (kamlarii) urządzono gabinet burmistrza. Miasto zubożało, zmniejszył się również zakres obowiązków magistratu. Stąd do ratusza przeniosła się administracja terytorialna.
W latach 1823–1824 przeprowadzono remont ratusza, podczas którego usunięto dawne tynki z malowidłami i zastąpiono je nowymi. W 1846 nadbudowano czwartą kondygnację.