Następnego dnia po odebraniu telefonu zostaje wciągnięty bez ostrzeżenia do świata Psyren, zamieszkanego przez potwory nazywane Tavoo, którzy kiedyś byli ludźmi lecz zmienili się przez działania organizacji WISE. Tajemnicza postać Nemesis Q przypisuje wszystkim przeniesionym ludziom misję, które muszą wypełnić aby powrócić do swojego świata. Poprzez rosną liczbę wrogów bohaterzy szybko rozwijają swoje moce telekinetyczne, pozwalające im przeżyć w świecie pełnym niebezpieczeństw. Ageha szybko odkrywa iż Psyren to tak naprawdę Japonia w przyszłości, postanawia dowiedzieć się co doprowadziło do takiego stanu kraj kwitnącej wiśni.
Gra zostaje nadal kontynuowana przez grupkę, która postanawia trzymać się razem w tym niebezpiecznym świecie do której należą Ageha, Sakurako, Hiryū Asaga, Oboro Mochizuki oraz Kabuto Kirisaki. Zostają przeszkoleni przez byłego zawodnika Psyren – Matsuri Yagumo i dzieci z Domu Dziecka Tenju Roots. Podczas trwania gry ukazuje się Amagai Miroku przywódca organizacji WISE, która przyczyniła się do zniszczenia Japonii. Działania bohaterów powoli zaczynają zmieniać historię świata przez przeżycia Tenju Root na osi czasu Psyren.