W 1986 roku Stojković odszedł z Monaco do Montpellier HSC. W 1987 roku wywalczył z Montpellier awans z drugiej ligi do pierwszej. W 1988 roku Montpellier jako beniaminek zajął 3. miejsce w Division 1. Po sezonie Serb odszedł do drugoligowego FC Mulhouse, z którym awansował do Division 1. W sezonie 1989/1990 zajął z Mulhouse ostatnie miejsce i spadł do Division 2. Następnie odszedł do AS Nancy, gdzie grał przez rok. W 1991 roku został piłkarzem drugoligowego Amiens SC, a w 1992 roku zakończył karierę piłkarską.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1974/75 Partizan Belgrad Prva liga Jugoslavije 2 0 1975/76 Partizan Belgrad Prva liga Jugoslavije 14 0 1976/77 Partizan Belgrad Prva liga Jugoslavije 28 0 1977/78 Partizan Belgrad Prva liga Jugoslavije 34 3 1978/79 Partizan Belgrad Prva liga Jugoslavije 31 3 1979/80 Partizan Belgrad Prva liga Jugoslavije 39 0 1980/81 Partizan Belgrad Prva liga Jugoslavije 30 0 1981/82 Partizan Belgrad Prva liga Jugoslavije 34 1 1982/83 Partizan Belgrad Prva liga Jugoslavije 23 1 1983/84 Partizan Belgrad Prva liga Jugoslavije 20 0 1984/85 AS Monaco Ligue 1 34 1 1985/86 AS Monaco Ligue 1 35 1 1986/87 Montpellier HSC Ligue 2 33 4 1987/88 Montpellier HSC Ligue 1 37 3 1988/89 FC Mulhouse Ligue 2 34 1 1989/90 FC Mulhouse Ligue 1 34 1 1990/91 AS Nancy Ligue 1 37 2 1991/92 Amiens SC Ligue 2 22 1