Za odmówienie potępienia księży aresztowanych pod zarzutem szpiegostwa zastosowano wobec niego areszt domowy. W grudniu 1952 sam oskarżony o szpiegostwo, został aresztowany, a po kilku dniach zwolniony z zakazem przebywania w obydwu archidiecezjach podlegającym jego jurysdykcji. Do czasu powrotu do Krakowa w grudniu 1956 mieszkał w domu matki i siostry w Tarnowie.
W lutym 1962 członkowie kapituły krakowskiej zwrócili się do papieża Jana XXIII z prośbą o mianowanie go arcybiskupem metropolitą krakowskim z równoczesnym połączeniem unią personalną archidiecezji lwowskiej i krakowskiej. W następnym miesiącu powiadomiony przez prymasa Stefana Wyszyńskiego, że papież ustanowił go arcybiskupem metropolitą krakowskim i administratorem apostolskim archidiecezji lwowskiej, wyraził na to kanoniczną zgodę. Jednocześnie skierował do papieża prośbę, aby ze względu na głosy wiernych, pozostał arcybiskupem lwowskim. Nominacja papieska nie została jednak ogłoszona z powodu jego śmierci.