Dotychczasowy miejski ustrój Kowala został sprowadzony do gminnego, a po upadku powstania styczniowego miasto zostało włączone do gminy Kowal. Z mapy miasta zniknął królewski zamek, kościoły św. Mikołaja, św. Fabiana i Sebastiana oraz św. Ducha i kilka innych budowli.
Podstawy prawne działania ustroju gminnego regulował ukaz carski z 2 marca 1864, który dotyczył powoływania i organizacji władzy na najniższych szczeblach. Organem stanowiącym była rada gminy, wykonawczym i zarządzającym – zarząd gminy z jej burmistrzem. Przepisy ukazu obowiązywały do 1918 r.
Po wprowadzeniu podpisanej 31 grudnia 1866 r., wzorowanej na rozwiązaniach istniejących w Cesarstwie Rosyjskim, ustawy o wprowadzeniu na terenie Królestwa Polskiego nowej organizacji administracji, w 1867 Kowal został pozbawiony praw miejskich oraz siedziby władz powiatowych. Z królewskiego wolnego miasta został zdegradowany do pozycji osad. Prawa miejskie Kowal odzyskał dopiero w 1919 roku.