W 1598 roku do Lwowa przybyło dziesięć kolejnych zakonnic z Chełmna, gdzie mieściła się siedziba odnowionej polskiej gałęzi benedyktynek. Przysłała je stamtąd ksieni i reformatorka zakonu, Magdalena Mortęska. W 1610 roku klasztor otoczono murem, który jednak nie stanowił dostatecznej ochrony, ponieważ zakonnice w 1615 roku były ewakuowane z klasztoru z powodu najazdu Tatarów. W 1618 roku w testamencie murator Paweł Rzymianin napisał, że pracował dla klasztoru i że niewiele zostało do zakończenia budowy. Do 1624 roku z inicjatywy ksieni Anny Szaporowskiej zakończono budowę murowanego kościoła (data z łuku tęczy), który w 1627 roku został konsekrowany przez arcybiskupa Jana Andrzeja Próchnickiego.
Zespół kościelno-klasztorny został wzniesiony u stóp Wysokiego Zamku na terenie Przedmieścia Krakowskiego (zwanego też Żółkiewskim). Ponieważ położony był na skraju ówczesnego Lwowa, otrzymał – podobnie jak klasztor bernardynów – obronny charakter. Obronny charakter założenia podkreślały wysokie i grube mury obronne z przyporami i oknami-strzelnicami oraz masywna, surowa bryła jednonawowego kościoła pozbawionego fasady. We wnętrzu kościoła zbudowano chór muzyczny. Dobudowano też trzykondygnacyjną wieżę w kształcie baszty obronnej, która zachowała się w niezmienionej postaci.