Modernizacja 4 kwietnia 2011 roku PKP Polskie Linie Kolejowe podpisały z konsorcjum firm Eurovia Polska i Eurovia CS umowę na modernizację linii. Inwestycja objęła m.in. wymianę nawierzchni, sieci trakcyjnej, budowę nowych urządzeń sterowania ruchem, stworzenie systemu informacji pasażerskiej oraz przebudowę obiektów technicznych. W ramach modernizacji w rejonie ulicy Winnickiej w Wieliczce powstał nowy przystanek o nazwie Wieliczka Bogucice, dotychczasowy przystanek Wieliczka został przemianowany na Wieliczka Park, zaś przystanek Wieliczka Rynek został przeniesiony przed ul. Adama Mickiewicza i zmienił nazwę na Wieliczka Rynek-Kopalnia. Kolejną inwestycją w ramach tego samego projektu była budowa parkingu typu Park & Ride w okolicy przystanku Wieliczka Park.
Po modernizacji linię kolejową przecinają cztery przejścia dla pieszych (w okolicach muru pobliskiego Klasztoru Ojców Franciszkanów i przy stacjach Wieliczka Park, Wieliczka Bogucice i Kraków Bieżanów), a także dwie drogi miejskie (przejazdy kategorii „B” przy stacji Kraków Bieżanów Drożdżownia i Kraków Bieżanów).