Budową od 1607 roku kierował Paweł Rzymianin natomiast opiekę nad nią objął w 1608 prowizor zakonu, ojciec Bernard Avellides.
Nowo wzniesiony kościół był niewielki, jednonawowy, z wieżą. W jego wnętrzu umieszczono 11 ołtarzy. Otrzymał on wezwanie Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny. Siostry zajmowały się hafciarstwem oraz edukacja panien z domów szlacheckich.
Klasztor odczuł skutki zawieruch wojennych z lat 1648, 1656 i 1672. Około 1748 nastąpiła rozbudowa zespołu klasztornego w stylu barokowym a kościół został przebudowany na trzynawowy. Na sklepieniach znalazły się freski Stanisława Stroińskiego.
lewo|150px W 1772, w chwili pierwszego rozbioru Polski w klasztorze mieszkały 34 zakonnice. W 1782 zakon objęła austriacka kasata. Znajdujący się w kościele cudowny obraz matki Boskiej Bolesnej został przekazany do kościoła bernardynów. W klasztorze na krótko zamieszkały siostry bazylianki. Wkrótce potem kościół został zamknięty a w klasztorze umieszczono urząd celny a potem skład tytoniu.