Patogeny roślin, fitopatogeny – czynniki biotyczne (infekcyjne) wywołujące choroby roślin. Mogą nimi być: wiroidy i wirusy wykorzystujące komórki roślinne podczas replikacji oraz organizmy o charakterze pasożytów: fitoplazmy, bakterie, pierwotniaki, lęgniowce zaliczane do królestwa Chromista, grzyby i rośliny pasożytnicze, korzystające z produktów fotosyntezy wytworzonych przez rośliny. Bardzo rzadko fitopatogenami bywają glony. Fitopatolodzy amerykańscy do patogenów roślin zaliczają również nicienie, są to jednak zwierzęta, i w Europie nie są zaliczane do fitopatogenów, lecz do szkodników.
Według ankiety przeprowadzonej wśród fitopatologów przez czasopismo „Molecular Plant Pathology” 10 najważniejszych patogenów bakteryjnych to: Pseudomonas syringae pathovars Ralstonia solanacearum Agrobacterium tumefaciens Xanthomonas oryzae pv. oryzae Xanthomonas campestris pathovars Xanthomonas axonopodis pv. manihotis Erwinia amylovora Xylella fastidiosa Dickeya (dadantii oraz solani) Pectobacterium carotovorum (oraz P.