Znaczna część operacji walutowych FOZZ była prowadzona za pośrednictwem Banku Handlowego. Podczas kontroli przeprowadzonej w banku przez NIK w latach 1991–1992 ujawniono liczne nieprawidłowości ujawnione w protokole pokontrolnym Działalność dewizowa Banku Handlowego, którego autorką była inspektor Halina Ładomirska. W raporcie wykazano, że w okresie kontroli bank prowadził działalność dewizową na szkodę polskiej gospodarki i oszacowano straty w ciągu tych dwóch lat na 5–10 mld dolarów.
Śledztwo i proces Według relacji Anatola Lawiny, pierwsze sygnały o nieprawidłowościach w FOZZ miały docierać do NIK od końca 1989 do wiosny 1990 roku.
Od 18 października do 10 grudnia 1989 roku w funduszu przeprowadzona została pierwsza kontrola Ministerstwa Finansów, która wykazała „niekompletność materiału dowodowego dotyczącego realizowanych transakcji, niekonwencjonalny tzw. cichy charakter tych transakcji, bez uzewnętrzniania ich w formie pisanych dokumentów”.