Stwierdzono, że więcej argumentów przemawia za drugą z wymienionych lokalizacji.
W 1997 roku pełnomocnik Rektora US do spraw budowy Ogrodu Botanicznego w Szczecinie, prof. Marian Ciaciura (1937-2011), zorganizował Ogólnopolską Konferencję Dyrektorów Ogrodów Botanicznych i Arboretów, na której przedyskutowano różne kontrowersje związane z lokalizacją ogrodu i zorganizowano wizję lokalną.
Na oficjalnej stronie Ogrodu Botanicznego w Szczecinie zamieszczono m.in. opinię dr hab. Jerzego Puchalskiego, uczestniczącego w tej konferencji przewodniczącego Rady Ogrodów Botanicznych i Arboretów w Polsce. Prof. Puchalski poinformował, że: „...po wizji terenu Rada Ogrodów Botanicznych w pełni zaakceptowała propozycję przedstawioną przez Wydziałową Komisję WNP w 1989 r.
W lipcu 2006 roku Rektorzy Uniwersytetu Szczecińskiego i Akademii Rolniczej w Szczecinie powołali Międzyuczelnianą Radę Programową pod przewodnictwem prof. Mariana Ciaciury. Już 9 listopada 2006 Prezydent Miasta Szczecina Marian Jurczyk i rektorzy Uniwersytetu Szczecińskiego i Akademii Rolniczej podpisali – mimo istniejących kontrowersji – List Intencyjny w sprawie budowy i utrzymania Miejskiego Ogrodu Botanicznego w Szczecinie.