W dorzeczu znajduje się gęsta sieć rzek o dużych zasobach energii wodnej.
Największe dopływy Konga to: prawobrzeżne Luapula Aruwimi Ubangi lewobrzeżne Lomami Ruki Kasai
Długość żeglownych odcinków Konga wynosi 13,5 tysiąca kilometrów. Liczne progi i wodospady, m.in. Wodospady Livingstone’a, uniemożliwiają żeglugę na wielu odcinkach.
W północno-wschodniej części kraju, wzdłuż najwyższych szczytów łańcucha Mitumba oraz Gór Błękitnych przebiega dział wodny między Nilem a Kongiem. Do zlewiska Nilu należą niewielkie cieki wodne, m.in. Rutshuru, która płynie malowniczą doliną górską, stanowiącą część Rowu Środkowoafrykańskiego. Na dnie tego rowu leżą duże jeziora, m.in. w obszarze dorzecza Nilu Jezioro Alberta i Jezioro Edwarda, w dorzeczu Konga: Kiwu i Tanganika. Na zachodzie leżą jeziora szczątkowe Mai-Ndombe i Tumba – pozostałości rozległego jeziora trzeciorzędowego.