Zmarła wskutek odniesionych ran i ograniczonych możliwości leczenia w okupowanej Warszawie.
Została pochowana na cmentarzu Stare Powązki w Warszawie (kwatera Z-3-18,19).
Ordery i odznaczenia Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski (11 listopada 1934) „za zasługi na polu rozwoju pielęgniarstwa szpitalnego oraz pracy społecznej”. Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski (13 lipca 1921)„Za zasługi, położone dla Rzeczypospolitej Polskiej na polu działalności filantropijnej” – jako jedna z pierwszych 15 osób odznaczonych Orderem Odrodzenia Polski. Złoty Krzyż Zasługi Medal Florence Nightingale (1935) Papieski order Pro Ecclesia et Pontifice
Upamiętnienie Kilka szkół medycznych w Polsce wybrało Zofię Szlenkier jako swoją patronkę: Medyczne Studium Zawodowe im. Z. Szlenkier w Toruniu (obecnie nieistniejące) Zespół Szkół Medycznych im. Z. Szlenkierówny w Liceum Ogólnokształcącym w Toruniu Medyczne Studium Zawodowe im. Z. Szlenkierówny w Kolnie (obecnie nieistniejące) Medyczna Szkoła Policealna Województwa Śląskiego im. Z. Szlenkierówny w Katowicach Liceum Medyczne w Pruszkowie im. Z. Szlenkierówny (obecnie nieistniejące)
Przypisy
Bibliografia Encyklopedia dla pielęgniarek, red. Józef Bogusz, PZWL, Warszawa 1990, s.