Naczelnym strażnikiem został kapitan Elam Lynds, weteran wojny brytyjsko-amerykańskiej (1812), który wprowadził surowy, wojskowy reżim więzienny. Spowodowało to protesty więźniów i w końcu doprowadziło do wybuchu zamieszek w 1818, stłumionych przez wojsko. W wyniku tego władze postanowiły zreorganizować więzienie, zwiększając jeszcze jego surowość. Nowo budowane skrzydło miało funkcjonować w nowatorskim systemie celkowym, w którym więźniowie są ściśle izolowani w indywidualnych celach. Reorganizację więzienia powierzono trzem osobom: Brittinowi (dyrektor), Johnowi Crayowi (służba więzienna), oraz Lyndsowi (kwestie finansowe). Różnice w kierunku zmian spowodowały konflikt między nimi. Wkrótce Brittin rozchorował się, Cray podał do dymisji, a Lynd został jedynym dyrektorem zreorganizowanego zakładu karnego.
System celkowy wydawał się wtedy najbardziej nowoczesnym i obiecującym sposobem organizacji kary pozbawienia wolności. To, że więzienie w Auburn było w trakcie przebudowy i reorganizacji, spowodowało, że więźniowie przebywali w nim w różnych reżimach, co stworzyło warunki do quasi-eksperymentu. Reorganizacja więzienia w Auburn przebiegała na wzór więzień celkowych w Filadelfii.