Odpowiedź napisana przez siostrę Branagha, Joyce, była odmowna, ale zawierała równocześnie zachętę do wybrania zawodu aktorki. Mulligan do dziś przechowuje ten list.
Zanim zaczęła grać zawodowo, w wieku 17 lat, w tajemnicy przed rodzicami składała wnioski o przyjęcie do trzech akademii teatralnych, lecz wszystkie zostały odrzucone. Po niezdaniu kolejnego przesłuchania, Mulligan zakwestionowała swoje aktorskie powołanie i przeszła, jak sama określiła, przez „skomplikowany okres”. Oprócz tego, jej rodzice nalegali, aby zrezygnowała z kariery w przemyśle rozrywkowym i rozpoczęła studia, najlepiej na University of Reading. Po ukończeniu nauki w Woldingham School w 2003 roku krótko pracowała jako pomocnica sprzątaczki i goniec w studiu filmowym podczas powstawania Kupca weneckiego. W wieku 18 lat została barmanką w lokalnym pubie. Jak stwierdziła później, negatywne doświadczenia z tego okresu miały na nią pozytywny wpływ, ponieważ uświadomiły jej, jak bardzo chce grać. W 2009 roku powiedziała, że podczas kręcenia zdjęć do Wall Street: Pieniądz nie śpi rozważała możliwość wstąpienia do szkoły aktorskiej, najprawdopodobniej do Juilliard School, ale ostatecznie nie podjęła tej decyzji.