Obiekty znajdujące się na niewielkiej głębokości są doskonale widoczne z powietrza w słoneczny dzień, jeśli woda nie jest mętna.
Prowadzenie wykopalisk Wykopaliska podwodne są trudne do przeprowadzenia, skomplikowane i kosztowne. Wymagają także natychmiastowej konserwacji wydobywanych na powierzchnię przedmiotów. Badania takie polegają na przemieszczaniu dużej ilości osadów i dokumentowaniu oraz wydobywaniu na powierzchnię dużych obiektów, takich jak naczynia zasobowe, amfory, sztaby żelaza, złota czy też armaty.
Archeologia podwodna wykorzystuje zróżnicowane narzędzia, które znacznie rozwijały się na przestrzeni lat. Do ważniejszych zaliczamy sprzęt do nurkowania (skafandry, butle, automaty oddechowe itp.), zdalnie sterowane roboty podwodne, miniaturowe łodzie podwodne, które umożliwiają zejście w głąb mórz i oceanów, gdzie granica ludzkiej wytrzymałości została naruszona, różnego rodzaju kosze na znaleziska. Rejestruje się obraz za pomocą kamer i aparatów, przystosowanych do prac podwodnych.
W trakcie badań sami archeolodzy wynaleźli urządzenia pomocne w podwodnych pracach.