Klimat Kraj leży w strefie klimatu podrównikowego wilgotnego, gdzie przez cały rok utrzymują się wysokie temperatury. W Gwinei występują dwie pory roku: sucha od listopada do kwietnia i deszczowa od maja do października. Opady średnie w ciągu roku wynoszą około 1300 mm, a maksymalnie osiągają 3000 mm, zwłaszcza na terenach nadmorskich. Temperatury wahają się od 25 do 30 °C. We wnętrzu kraju jest nieco cieplej. Temperatury wynoszą średnio około 27 °C, jednak z racji położenia geograficznego w słońcu sięgają 40 °C. W Gwinei przez cały rok utrzymuje się wysoka wilgotność, która jedynie w porze suchej nieznacznie spada.
Wody Z racji obfitych opadów deszczu Gwinea Bissau jest państwem zasobnym w wodę i posiada rozbudowaną sieć rzeczną. Największe rzeki to: Cacheu, Mansôa i Gêba. Wszystkie rzeki należą do zlewiska Oceanu Atlantyckiego i wszystkie zaliczane są do rzek stałych.
thumb|390px|Archipelag Bijagos
Flora Gwinea Bissau charakteryzuje się trzema regionami roślinnymi. Wybrzeże porośnięte jest lasami namorzynowymi i występuje tam wiele gatunków palm. W głębi lądu rośnie wiecznie zielony las tropikalny. Przy granicy z Senegalem i Gwineą występują sawanny i lasy parkowe.