przyznano ją mimo tymczasowego przekroczenia norm dla nasycenia hypolimnionu tlenem i stężenia związków azotu oraz – w mniejszym stopniu – fosforu. Jezioro określano wówczas jako jedno z najczystszych na terenie ówczesnego województwa zielonogórskiego. Wynikało to ze stosunkowo niedużej ilości zrzucanych ścieków, głównie z osiedli mieszkaniowych i ośrodków wypoczynkowych w Przełazach, podczas gdy ścieki z pozostałych miejscowości nie trafiały do jeziora. Badania wykonane przez Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Zielonej Górze w 2000 oraz 2005 roku wykazały zagrożenie wód jeziora przez nadmierną eksploatację turystyczną oraz trudności w oczyszczaniu ścieków w zlewni jeziora. O pogarszającej się jakości wód świadczyły pojawiające się zakwity sinicowe. Znaczne rozmiary jeziora buforowały jednak skutki zagrożeń i spowodowały, że jezioro Niesłysz zachowało II klasę czystości pod względem fizyko-chemicznym i I klasę czystości pod względem sanitarnym. Czystość wód jeziora uległa poprawie, o czym świadczy fakt że w badaniach przeprowadzonych w 2014 roku wody jeziora zostały zakwalifikowane do wód o bardzo dobrym stanie ekologicznym, co odpowiada I klasie jakości.