Wielu twórców oprogramowania FLOSS (ang. Free Libre/Open Source Software) obawia się, że patenty na oprogramowanie mogą im uniemożliwić pisanie programów. Tego typu projekty zwykle nie mają własnego obronnego zestawu patentów ani mechanizmu płacenia należności. Efekty tego dotknęły już kilka projektów. Kilka firm (np. IBM) udostępniło swoje portfolio patentowe na potrzeby FLOSS lub szerzej, w szczególności w celu promocji otwartych standardów, jednak jest to tylko niewielki ułamek patentów na oprogramowanie, które zostały wydane. Nie daje to społeczności FLOSS obronnego zestawu patentów, który mógłby być wykorzystany do negocjacji umów o wzajemnym udostępnianiu patentów. Jednak Novell zapewnia, że użyje swojego portfolio patentowego przeciw firmom, które mogłyby zgłaszać żądania patentowe wobec niektórych programów na licencjach FLOSS.
Próg wymogu "innowacyjności" patentów na oprogramowanie jest przez niektórych uważany za dosyć niski, co czyni zdobycie takiego patentu względnie łatwym. Także jakość dokumentowania wydaje się dość niska, co objawia się częstym ignorowaniem znanych przykładów wcześniejszego wykorzystania pomysłów (ang. prior art).