Pięć lat później uzyskał stopień doktora habilitowanego na Wydziale Teologii KUL (zatwierdzony z powodów politycznych dopiero siedem lat później).

W latach 1957–1959 był prefektem w tarnowskim seminarium oraz dyrektorem tamtejszego Archiwum Diecezjalnego.

W 1960 został zatrudniony na KUL w Ośrodku Archiwa Biblioteki i Muzea Kościelne (gdzie zapoczątkował proces mikrofilmowania archiwaliów kościelnych) oraz przy Katedrze Średniowiecznej Historii Kościoła. Był redaktorem pisma „Archiwa, Biblioteki i Muzea Kościelne” oraz „Roczników Teologicznych”. W 1966 otrzymał stopień naukowy docenta. Od 1967 do 1972 kierował Katedrą Kościoła w Starożytności Chrześcijańskiej. W latach 1968–1972 sprawował funkcję prodziekana Wydziału Teologicznego, a w latach 1973–1976 i 1982-83 kierownika Instytutu Kościoła. Był także kierownikiem Katedry Historii Kościoła w Czasach Nowożytnych oraz zastępcą kierownika Zakładu Badań nad Migracją i Duszpasterstwem Polonijnym przy KUL. Jednocześnie w Krakowie sprawował kierownictwo nad Katedrą Historii Kościoła w Czasach Nowożytnych i Najnowszych na Papieskim Wydziale Teologicznym w Krakowie.

W 1969 został profesorem nadzwyczajnym, a w 1987 profesorem zwyczajnym.

Pod jego kierunkiem stopień naukowy doktora uzyskał m.in.