Po odsunięciu od władzy prezydenta Denisa Sassou-Nguesso powrócił do ojczyzny i w sierpniu 1992 został wybrany nowym prezydentem Konga, pokonując w II turze wyborów Bernarda Kosélasa.
Kolélas stanął wówczas na czele opozycyjnej koalicji Unii na rzecz Odnowy Demokracji (URD), w skład której wchodziła MCCDI i PCT z Denisem Sassou-Nguesso. Konflikt między pierwszym demokratycznym prezydentem Lissoubą a opozycją rozgorzał na przełomie maja i czerwca 1993, kiedy to w zamieszkach śmierć poniosło 2000 osób. W styczniu 1994 wojsko zablokowało dzielnicę Bacongo w stolicy kraju, w której mieszkał Kolélas i mieściła się siedziba powołanej przez niego milicji Ninja. Zbrojną konfrontacje przerwało porozumienie z 30 stycznia 1994. Publiczne pojednanie między Kolélasem a prezydentem Lissoubą, do którego doszło w czerwcu 1994, zaowocowało w lipcu 1994 powołaniem go na stanowisko burmistrza Brazzaville.