Przez kolejne lata dzielił prowadzenie misji z bliską współpracą z majordomem Pepinem z Heristalu. Śmierć Pepina w 714 wywołała spór o władzę, co wykorzystali Fryzowie, wzniecając powstanie. W 716 Wilibrord został zmuszony do ucieczki z Fryzji. Po śmierci Radboda w 719 Fryzowie ponownie zostali podporządkowani państwu frankijskiemu przez majordoma Karola Młota. Ten także był blisko związany z Willifridem (jeszcze w 714 misjonarz ochrzcił jego syna, późniejszego króla frankijskiego Pepina Krótkiego) i po uspokojeniu sytuacji we Fryzji ponownie go tam wysłał. Wilibrorda, który rozszerzył zasięg swojej misji także na północną Fryzję, wspierał wówczas inny misjonarz anglosaski, jego uczeń Winfrid, późniejszy apostoł Germanów. Starzejąc się, spędzał coraz więcej czasu w opactwie w Echternach, któremu podarował wiele dóbr ziemskich, które uzyskał podczas swojego życia.