W 1773 Serra musił udać się do stolicy, by poprosić o usunięcie z urzędu gubernatora Kalifornii Pedro Fagesa. Wicekról Antonio María de Bucareli y Ursúa przyznał rację franciszkanom, usuwając Fagesa z piastowanego urzędu w 1774. thumb|200px|Rzeźba św. J. Serry na Kapitolu w Waszyngtonie z 1931. Kilka lat po powrocie do Kalifornii Serra otrzymał prawo udzielanie sakramentu bierzmowania wiernym zamieszkującym tereny wokół misji. W ostatnich trzech latach swojego życia przebywał pieszo 900 km, by udzielać sakramentu bierzmowania w misjach usytuowanych między San Diego a San Francisco. Źródła podają, iż bierzmował ponad 5000 nawróconych przez franciszkanów Indian pomiędzy rokiem 1770 a 1784.
Misjonarz zmarł w wyniku ukąszenia przez jadowitego węża w misji w Carmel-by-the-Sea 28 sierpnia 1784. Pochowano go pod posadzką miejscowego kościoła parafialnego.
Dziedzictwo i kult Junípero Serra został ogłoszony błogosławionym 25 września 1988 przez papieża Jana Pawła II.