Jako przeciwnik rozwiązań siłowych w sporze o Kosowo i zwolennik interwencji międzynarodowej wziął udział w negocjacjach w Rambouillet.K.Booth, The Kosovo tragedy: the human rights dimensions, Routledge 2001, s.293-294
Zginął, zastrzelony w niejasnych okolicznościach, kiedy próbował przedostać się wraz z rodziną pociągiem do granicy z Macedonią, w czasie wojny o Kosowo. Pociąg zatrzymały serbskie oddziały paramilitarne, Aganiego wyprowadzono z pociągu. Jego ciało odnaleziono w pobliżu drogi, prowadzącej do LipjanuSi u vra Fehmi Agani, a ishte tradhti vrasja e tij?. thumb|240px|Pomnik Fehmiego Aganiego w Prisztinie W 2004 został uhonorowany pośmiertnie tytułem Bohatera Kosowa (alb. Hero i Kosovës). W 2006 w Prisztinie stanął pomnik Aganiego, dłuta Luana Mulliqiego. Jego imię noszą ulice w Prisztinie, Tiranie, Uroševacu, Djakowicy i w Klinie, a także uniwersytet w Djakowicy.
Był żonaty, miał dwóch synów.