XVI wiek – początki XX wieku thumb|Panorama Głubczyc, XVIII w. W roku 1523 ruch protestancki dotarł do miasta. W roku 1558 został wzniesiony luterański zbór i szkoła. W odpowiedzi na te wydarzenia ojcowie Franciszkanie i Żydzi zostali wygnani z miasta.
W czasie wojny trzydziestoletniej miasto zostało całkowicie zniszczone, większość zniszczeń zostało dokonanych przez nacierających Szwedów w roku 1645. W XVIII wieku Głubczyce podlegały inspekcji podatkowej w Prudniku.
W wyniku I wojny śląskiej (1740–1742), toczonej między Austrią i Prusami, miasto przeszło pod panowanie Prus. W 1746 w Głubczycach znajdowała się wartownia pocztowa, podlegająca pod urząd pocztowy w Prudniku.
W latach 1753–1770 w Głubczycach został wzniesiony zespół klasztorny według projektu architekta Jana Innocentego Töppera z Prudnika. W roku 1781 populacja miasta wynosiła tylko 2637. W trakcie rozrastania się miasta jego populacja stopniowo wzrastała. W 1792 roku oddano do użytku . W roku 1825 miasto zamieszkiwało 4565 mieszkańców, a w 1870 już 9546. W końcu XIX w. ważnym ośrodkiem spotkań miejscowych Polaków był dom profesora miejscowego gimnazjum i polskiego historyka Stanisława KarwowskiegoS. Karwowski, Historya Wielkiego Księstwa Poznańskiego. T. 1, 1815–1852, Poznań 1918, k.