Była sceptyczna wobec doniesień, że HIV jest czynnikiem wywołującym AIDS.
Publikacje Publikowała artykuły w czasopismach naukowych (np. On the origin of mitosing cells, 1967, Whittaker’s five kingdoms of organisms, 1971) oraz liczne książki, np. (wybór według NNDB): Billion Years of Genetic Recombination (1986, wsp. Dorion Sagan) Microcosmos (1987, with Dorion Sagan) Mystery Dance: On the Evolution of Human Sexuality (1991, wsp. Dorion Sagan) Symbiosis as A Source of Evolutionary Innovation (1991) Symbiosis in Cell Evolution (1992) The Garden of Microbial Delight (1993, wsp. Dorion Sagan) Five Kingdoms (1997, wsp. Karlene V. Schwartz) Slanted Truths: Essays on Gaia, Symbiosis, and Evolution (1997, wsp. Dorion Sagan) What Is Sex? (1997, wsp. Dorion Sagan) Symbiotic Planet: A New Look at Evolution (1998) Acquiring Genomes: A Theory of the Origins of Species (2002, wsp. Dorion Sagan) Dazzle Gradually: Reflections on the Nature of Nature (2007, wsp Dorion Sagan) Mind, Life and Universe (2007, wsp. Eduardo Punset) Luminous Fish: Tales of Science and Love (2007) Prace przetłumaczone na język polski Lynn Margulis, Symbiotyczna planeta, tłum. Marcin Ryszkiewicz, Warszawa 2000, Wydawnictwo CiS, (Symbiotic Planet a New Look at the Evolution, 1998 Lynn Margulis, Gaja to twarda sztuka (esej), tłum.