Kolejny okres wojen wewnętrznych rozpoczął się w dobie reformacji. W 1562 roku uzyskali od regentki Katarzyny Medycejskiej częściową swobodę kultu. Wzajemna wrogość i rywalizacja o wpływy polityczne między obozem katolickich Gwizjuszów i Ligi Katolickiej i protestantów doprowadziła do krwawych wojen religijnych w latach 1562–1598. Kres wojnom położyły śmierć Henryka III i zakończenie panowania dynastii Walezjuszów.
Dynastia Burbonów umocniła francuski absolutyzm. Henryk IV sam decydował o wszystkich sprawach państwa, łamał opór możnych i odbudował autorytet królewski. Jego polityka wewnętrzna doprowadziła do rozkwitu gospodarki zrujnowanej wojną domową. Za jego panowania powstały także pierwsze kolonie francuskie w Ameryce. Osłabioną przejściowo po jego śmierci władzę centralną sprawował kardynał Richelieu, pełniący w latach 1624–1642 stanowisko pierwszego ministra; zwalczał on bezlitośnie opozycję arystokratów i hugenotów. Po zdobyciu w 1628 twierdzy La Rochelle pozbawił ich przywilejów politycznych i wojskowych.