Zaawansowane zauropodomorfy miały szczęki w kształcie litery U, co umożliwiało im pochwycenie większej ilości pożywienia, utraciły również mięsiste policzki. Aardonyx miał V-kształtne szczęki, co jest cechą prymitywną, jednak również utracił mięsiste policzki – odwrotnie niż bazalny chiński zauropod Chinshakiangosaurus, który miał policzki oraz U-kształtne szczęki. Aardonyx miał stosunkowo krótkie kończyny przednie – u mniejszego osobnika kość ramienna stanowiła około 72% długości kości udowej, co sugeruje, że Aardonyx był co najmniej fakultatywnie, a prawdopodobnie przeważnie dwunożny. Analiza filogenetyczna przeprowadzona przez Yatesa i współpracowników wskazuje, iż Aardonyx jest jednym z najbardziej zaawansowanych zauropodomorfów nienależących do zauropodów – taksonem siostrzanym dla kladu Melanorosaurus + Sauropoda, obejmującego czworonożne zauropodomorfy, co potwierdza, że stanowi on formę przejściową pomiędzy bazalnymi zauropodomorfami a zauropodami. Aardonyx jest także najbardziej zaawansowanym spośród wszystkich znanych dwunożnych bazalnych zauropodomorfów.