W prawyborach Partii Liberalnej Hondurasu (PLH) zwycięstwo odniósł Mauricio Villeda, zdobywając 54% głosów i pokonując m.in. przewodniczącego parlamentu, Roberto Michelettiego, który uzyskał 26% głosów. Villeda wziął udział w prawyborach niejako w zastępstwie Elvina Santosa, wiceprezydenta Hondurasu, któremu we wrześniu 2008 Najwyższy Trybunał Wyborczy (TSE) zakazał udziału w prawyborach z powodu pełnionej przez niego w przeszłości funkcji p.o. prezydenta w czasie nieobecności w kraju prezydenta Zelayi. W grudniu 2008 Santos zrezygnował ze stanowiska wiceprezydenta, a Villeda wycofał się ze startu w wyborach na jego rzecz. W lutym 2009 Kongres Narodowy ostatecznie zezwolił Santosowi na udział w wyborach prezydenckich jako kandydatowi Partii Liberalnej.
thumb|left|140px|Carlos Humberto Reyes W lipcu 2009 udział w wyborach, jako kandydat niezależny, ogłosił Carlos Humberto Reyes, lider związków zawodowych i działacz Narodowego Frontu Oporu, koalicji organizacji społecznych opowiadających za przywróceniem Manuela Zelayi na stanowisko prezydenta po zamachu stanu.